1、 产地环境污染
农产品产地环境中的污染物对农产品质量安全生产的危害。工业“三废”和城市生活垃圾不合理地排入江、河、湖、海，污染了农田、水源和大气。由于农产品产地环境污染没有得到有效的控制，致使农业生态环境恶化，重金属及有害物质在水、土、气中超标，进而在食物中残留、聚积，影响农产品质量，最终影响人体健康。
2、物理性污染
由物理性因素对农产品质量安全产生的危害。形成的主要原因是在农产品收获或加工过程中操作不规范或不慎在农产品中混人有害物质，导致农产品受到污染。
3、生物性污染
自然界中各类生物因子对农产品质量安全产生的危后。如致病性细菌、病毒、毒素污染以及收获、屠宰、捕捞后的加工、贮度、销售过程中的病原生物污染。
4、化学性污染
生产、加工过程中农业投人品使用不合理，对农产品质量安安全产生的危害。食品加工中滥加化学添加剂，为了争取瓜果、蔬菜早上市，不恰当地使用激素，滥施化学药剂，不但造成农产品口感不好，还可能夹杂有毒有害成分。
5、农产品质量安全体系不完善
与发达国家相比，我国在环境保护法规、技术标准、质量认证以及对绿色包装、标志、标签使用和管理方面还存在一定差距，生产者缺乏标准意识。“ 无标准生产”“无标准上市”现象普遍，农产品质量安全检验检测体系不适应“从土地到餐桌”全程质量控制的要求。
附：《中华人民共和国农产品质量安全法》规定禁止销售的农产品
一、含有国家禁止使用的农药、兽药或者其他化学物质的。
二、农药、兽药等化学物质残留或者含有的重金属等有毒有害物质不符合农产品质量安全标准的。
三、含有的致病性寄生虫、微生物或者生物毒素不符合农产品质量安全标准的。
四、使用的保鲜剂、防腐剂、添加剂等材料不符合农产品质量标准的。
五、其他不符合农产品质量安全标准的。